Dle pověsti vystaven jest prvotně od Zdislava (z Chlumce, později zvaného) ze Šternberka na památku vítězství r. 1241. nad Tatary dobytého, zároveň s klášterem minoritským a byla v něm krypta moravského rodu Šternberků až do jeho vymření v 16. století.
Když minorité r. 1567. k sv. Jakubu přeloženi jsou, dán jest jezuitům tehdy do Olomouce uvedeným; po jichž vypovězení r. 1618. na čas zavřen jest. Léta 1620. v únoru konány v něm, když král Bedřich Falcký do Olomouce přijel, kalvinské služby Boží. Když pak po bitvě Bělohorské i s kolejí zase jesuitům navrácen byl, vystavěli jej jesuité r. 1712—1720 v nynější podobě. Uvnitř jest kostel ten pěkně malován; na stropě vyobrazeno obcování svatých a příběhové p. Marie Sněžné. Po obou stranách kostela jsou na vrchu galerie a pod nimi na každé straně čtvero kaplí kromě dvou v presbyterium. Na pravé straně v presbyterium jest kaple sv. Ignace, v níž viděti jest pomník biskupa Viléma Prusinovského z Vickova († r. 1572.), zakladatele koleje jesuitské, a na straně levé kaple sv. Františka, v níž jest památník děkana kapitolního hraběte Breunera († r. 1637.). Na tomto místě býval původní kostel minoritský sv. Františka.
V lodi na pravé straně jsou kaple p. Marie, sv. Josefa, sv. Michala archangela a sv. Angela Strážce; na straně levé kaple sv. Pauliny, sv. Aloizia, sv. Karla B. a sv. Kateřiny. Oltářů 14 s krásnými obrazy.
Po zrušení řádu jezuitů r. 1773. stal se kostel ten universitním a od r. 1779. kostelem vojenským.
Tento farní okres zahrnuje bývalý hrad a a předhradí, vůbec celou starší Olomouc jak bývala
