Až do r. 1854. byla zde universita o třech fakultách, fak. bohoslovecké, fak. právnické, fak. filosofické a chirurgickém učení. Toto vysoké učení titulováno: C. k. Františkovou universitou, poněvač slavné paměti císař František I. bývalé více než 260 let v Olomouci stávavší, biskupem Markem a jeho nástupcem Vilémem Prusinovským založené, a od r. 1567. řádem jesuitským co academia bonarum artium, spravované lyceum r. 1827. na universitu povýšil; čítala do r. 1848. 25 řádných professorů se čtyřmi děkany a universitním rektorem v čele. Fakulta bohoslovecká měla kromě děkana 6, fakulta právnická 5, fakulta filosofická 7, a medicinsko-chirurgické učení, jelikož fakulty medicinské nebylo, kromě děkana 7 professorů. Počet žáků universitních i s babičkami páčil se v těchto dobách na osm až devět set.
Roku 1864. vyzdvižena jest tato universita až na fakultu bohosloveckou, ústav chirurgický a porodnici při zemské nemocnici. R. 1873. vyzdvižen i ústav chirurgický; leč knihovna bývalá universitní zde dotud ponechána.
Pozůstalá fakulta bohoslovecká, zachovavší právo své, povyšovati kandidáty bohoslovecké na doktory sv. písma, čítá nyní obyčejně kolem 100 posluchačů.
Toto studium vzalo počátek svůj nepochybně hned s biskupstvím, kdež při hlavním chrámě zřízena byla škola, ve které se mladíci vyučovali gramatice, dialektice, rhetorice a obřadům církevním. První scholastik, jenž tuto školu spravoval, ustanoven od biskupa Bruny r. 1249, první mistři pak (totožní s doktory) jmenují se: r. 1286. Bohumil a r. 1305. Radslav. Učený biskup Marek vystavěl r. 1564. s velkým nákladem tuto školu znova a zřídil ji tak, že se v ní i mistři a učitelové k učení dítek a jiných osob vzdělávali; nástupce jeho
