Dorothea a za převorku byla zvolena Anna Černovická z Kačova. Potom zemřela Manda i Maruška a v klášteře zbyla jen převorka Anna Černovická z Kačova. Poslední převorka novoříšská udělila městečku Nové Říši mnohé výsady tak velké, že se jim divili a je částečně zrušili sami protestanští komisaři r. 1611.
Poměry náboženské v té době byly přesmutné. Sekta českých bratří se šířila čím dál tím více. Za těch poměrů nebylo ani pomyšlení na přijetí novicek a nové oživení kláštera.
Známkou velmi význačnou je dopis opata Kašpara, jenž píše svému nástupci proboštu Urbanovi, že v Jihlavě zase jednou za dvacet let křtil katolické dítě. Když tedy probošt Urban zemřel, odjela poslední jeptiška Anna Černovická z Kačova do kláštera praemonstrátek v Chotěšově v Čechách, kdež i zemřela. Odjela na rozkaz opata strahovského a generálního vikáře Lohelia se schválením generálního opata z Prémontré ― Františka a Longo Prato.
Čeští bratří v Nové Říši a okolí a okolní protestantská šlechta se těšila, že nyní opuštěné klášterní statky uchvátí, leč zmýlili se. Péči o opuštěný klášter převzal generální vikář ze Strahova Lohelius a jmenoval ― dohodnuv se s opatem zábrdovickým ― proboštem novoříšským podpřevora z kláštera lúckého (Klosterbruck) u Znojma.
Nový probošt Šebestian Chotěbořský dostal zároveň rozkaz, aby postaral se o výchovu dorostu mužského pro klášter, aby užito býti mohlo statků klášterních ve smyslu zakladatelově. Leč Šebestian Chotěbořský byl roku 1599 zvolen opatem v Klosterbrucku a jeho nástupce Jan Kostelecký, premomstrát ze Zábrdovic, neměl dosti síly a obezřetnosti, jež vyžadovalo tehdy postavení probošta v Nové Říši. Byl proto povolán do Zábrdovic zpět.
