R. 1620. vtrhli Kozáci od Krakova do Moravy císaři Ferdinandovi II. na pomoc a ježto padlo podezření na Jana Sarkandra, faráře Holešovského, že se to stalo přičiněním jeho, byl k návrhu Václava Bitovského, vyslance strany protestantské z Brna v Olomouci, u vyšetřování vzat a mučen, a jelikož se naň nic dokázati nemohlo, konečně propuštěn, načež následkem mučení dne 17. března téhož roku zemřel. V červnu r. 1620. byl za hejtmana zemského Ladislava Veleně ze Žerotína, hlučný sněm v Olomouci, na němž uzavřeno, aby se panství Mikulovské, Kroměřížské a Hulínské, kteráž se odňala kardinálovi z Dietrichšteina králi Fridrichovi (Falckému) a panství Chropínské královně Alžbětě co dar korunovační deskami zemskými zapsala, též učiněno usnešení, aby desky manské z Kroměříže do Olomouce byly přenešeny, ježto biskupský soud manský již na sněmu předešlém zrušen jest.
Bitvou Bělohorskou (8. listopadu 1620.) skončila se nešťastná vzpoura a Olomouc i veškerá země podlehla v moc císaře Ferdinanda II. Dne 21. ledna 1621. přirazil Buquoi vůdce císařský, z Brna do Olomouce a obyvatelstvo se jemu bez odporu poddalo. Účastníci odboje jsou vyšetřování, žalářem a na statcích trestáni, kardinál Dietrichstein učiněn cís. gubernatorem a jesuité návrátili se opět do koleje své.
Až do té doby, jakkoli obyvatelé Olomouce z části byli Němci, převládala řeč česká ve všem jednání veřejném. To vše změnilo se r. 1620. a prvý podnět k tomu dal kardinál Díetrichštein, gubernator císařský, jelikož se v českém jazyku neznal. Tou dobou počalo i město klesati, které prvé přes 30.000 (dle jiných zpráv s předměstími
